EXAMEN STANDARD
Il peut porter sur 3 variétés de prélèvement :
- une biopsie,
- une pièce opératoire,
- des prélèvements cytologiques.

A/ La biopsie
1) Attention, le prélèvement ne doit pas être trop petit (plus le prélèvement est petit, plus le diagnostic est difficile). Le microscope grossit les cellules mais n'a pas le pouvoir de les multiplier.
2) La biopsie doit être faite en pleine lésion et, sur les bords de celle-ci, si elle est ulcérée. Contrairement à une notion trop souvent répandue, elle ne doit jamais être faite uniquement "à cheval" sur la zone lésée et la zone saine.
3) Si c'est possible, il faut faire plusieurs prélèvements.
Un prélèvement trop petit et mal orienté est un prélèvement inexploitable.
Il retarde le diagnostic.
Peut conduire à une erreur.
Impose au malade le préjudice d'un 2ème prélèvement.
4) Quand elle est destinée à l'examen standard, la biopsie doit être fixée immédiatement, le fixateur conseillé est le Bouin queux.
Quelques exceptions : il est préférable d'utiliser :
- le Bouin Hollande (pour les prélèvements cutanés et hématologiques),
- le Bouin alcoolique (ou Dubosc Brasil), pour les biopsies hépatiques et rénales,
- le formol tamponné à 10 % pour les biopsies osseuses, neurologiques et musculaires.

B) Une pièce opératoire.
est habituellement un prélèvement de grande taille (ex : curage ganglionnaire, gastrectomie, hystérectomie…).
1) D'une façon générale, il est souvent préférable de communiquer la pièce à l'état frais, non ouverte.
L'anatomo-pathologiste pourra, ainsi, l'étudier macroscopiquement, la photographier, l'ouvrir, la fixer dans de bonnes conditions et faire des prélèvements.
Chaque fois que possible, la chirurgien doit orienter la pièce (repérer les chaînes ganglionnaires d'un curage par ex.).
Une entente préalable avec l'anatomo-pathologiste est utile, car les protocoles d'une examen peuvent être établis en fonction du type d'exérèse.
2) Si la pièce ne peut pas être apportée dans des délais rapides (< 24 heures), il faut :
- l'ouvrir et épingler celle-ci sur un liège afin d'éviter la rétraction des tissus,
- immerger le prélèvement dans un liquide fixateur contenu dans un récipient à encolure large, de volume suffisant (le volume du liquide doit être au moins à 5 fois celui de la pièce à fixer pour être efficace). La pièce doit y entrer facilement et être contenue sans aucune compression. Ne pas oublier qu'une pièce fixée devient rigide. Les déformations qu'elle subira si elle est tassée dans un récipient trop étroit, la nécrose due à une mauvaise fixation peuvent réduire à 50 % les chances de diagnostic ou rendre la pièce inexploitable.

C) Les prélèvements cytologiques
Plusieurs variétés sont à envisager :
- Produit de cytoponction, de raclage ou d'écoulement de faible quantité (quelques gouttes) :
Ou apporter la seringue directement au laboratoire d'anatomie pathologique.
Ou faire deux étalements sur lame dégraissée : l'un séché à l'air, l'autre fixé dans un mélange alcool absolu-ether (en parties égales), ou par vaporisation d'un cyto-spray.
- Produit de ponction ramenant un liquide abondant:
Le recueillir sur tube citraté ou hépariné et le faire parvenir immédiatement au laboratoire.
Si le prélèvement ne peut être acheminé immédiatement, ajouter le volume de formol à 15 % à 9 volumes d'épanchement.
- Appositions ou empreintes de tranches d'organes (ganglion, rate, tumeur…) :
Faire des appositions de la tranche de section sur lame dégraissée, les unes séchées à l'air, les autres fixées dans un mélange alcool absolu-éther (en parties égales), ou par vaporisation d'un cyto-spray.
- Frottis cervico-vaginaux :
Aussitôt après le prélèvement, fixer,
soit par vaporisation d'un cyto-spray,
soit par immersion dans un mélange alcool absolu-éther.
Ne pas oublier de préciser sur charque frottis, le siège du prélèvement : endocol, exocol, vagin.

EXAMEN EXTEMPORANE
Cet examen est fait au décours d'une intervention chirurgicale, l'interprétation étant faite dans les minutes suivant la réception du prélèvement.
Le prélèvement doit être assez volumineux pour faire l'objet d'un contrôle en paraffine, sinon il faut savoir renoncer à l'examen extemporané.
Il est apporté immédiatement sur une compresse.
Il est congelé et coupé au cryostat.
L'interprétation est plus difficile qu'après inclusion en paraffine et ne permet pas toujours une conclusion formelle.
L'indication de l'examen extemporané doit être strictement limitée aux seuls cas où le résultat risque de modifier la conduite chirurgicale (ex : l'examen extemporané est justifié pour une tumeur du sein, dans la mesure où l'on décide d'une chirurgie conservatrice ou non, en fonction de la réponse).

EXAMEN EN IMMUNO-HISTOCHIMIE
Pour des techniques en immuno-fluorescence, si les antigènes à étudier sont situés à l'intérieur des cellules, l'étude peut se faire sur du matériel en paraffine : si les antigènes sont extra-cellulaires, il convient de pratiquer des coupes en congélation et donc de faire parvenir le  prélèvement immédiatement sur compresse imbibée de sérum physiologique.

EXAMEN EN HYBRIDATION IN SITU
Il convient de pratiquer une fixation au formol à 10 %.

EXAMEN EN MICROSCOPIE ELECTRONIQUE
Il convient de pratiquer une fixation immédiate dans du glutaraldéhyde à 2.5 % dilué dans un tampon phasphate (préparation extemporanée). Les prélèvements doivent faire 1 mm de côté et doivent parvenir immédiatement au laboratoire.